故事从海贼王哥尔·D·罗杰临刑前的一句话开始，开启了大海贼时代。少年路飞因与红发香克斯的约定，立志成为海贼王。
东方蓝篇
路飞出航后先后结识剑士索隆、航海士娜美、狙击手乌索普、厨师山治、船医乔巴等人，击败恶龙、克里克等海贼，进入伟大航路。
阿拉巴斯坦篇
路飞一行因薇薇公主卷入秘密犯罪公司“巴洛克工作社”的阴谋，击败王下七武海克洛克达尔，拯救国家。途中考古学家妮可·罗宾加入。
空岛篇
路飞一行登上万米高空中的空岛，与自称“神”的艾尼路交锋，解开400年来的历史恩怨，获得黄金钟的秘密。
水之七都篇&司法岛篇
为修理船只来到水之七都，遭遇世界政府直属间谍组织CP9，罗宾为保护伙伴自愿被带走。路飞等人攻入司法岛“艾尼艾斯·罗比”，向世界政府宣战，救回罗宾。船精灵梅利号沉没，新船“千阳号”诞生，船匠弗兰奇成为伙伴。
恐怖三桅帆船篇
在魔鬼三角地带遭遇王下七武海月光·莫利亚，路飞击败莫利亚，音乐家布鲁克加入。
顶上战争篇
路飞的哥哥波特卡斯·D·艾斯被海军处刑，引发白胡子海贼团与海军总部、王下七武海的全面战争。艾斯为保护路飞战死，路飞惨败后发誓变强，伙伴们分散修行两年。
新世界篇
两年后，伙伴们重聚于香波地群岛，进入后半段“新世界”。
鱼人岛篇
抵达万米深海中的鱼人岛，化解鱼人与人类的仇恨，击败新鱼人海贼团，并与原七武海甚平结下羁绊。
庞克哈萨德篇
与特拉法尔加·罗结成同盟，绑架科学家凯撒·库朗，对抗唐吉诃德·多弗朗明哥。
德雷斯罗萨篇
在德雷斯罗萨击败多弗朗明哥，解放国家。路飞的二哥萨博继承艾斯的烧烧果实。路飞旗下形成“草帽大船团”。
佐乌篇
到达巨象背上的猴子王国，与光月桃之助等人相识，得知和之国的秘密，决定讨伐四皇凯多。
蛋糕岛篇
路飞等人闯入四皇夏洛特·玲玲（BIG MOM）的地盘，夺回被迫政治联姻的山治，路飞击败将星克力架、卡塔库栗，成为“第五位皇帝”。
世界会议篇&和之国篇
世界会议召开，路飞等人在和之国集结，与光月家武士、毛皮族等人共同讨伐凯多与大蛇。路飞觉醒“尼卡”能力，击败凯多，和之国解放。路飞与巴基被世人并列为四皇之一。
蛋头篇
路飞一行抵达贝加庞克所在的未来岛“艾格赫德”，遭遇CP0、海军大将黄猿、五老星等围攻。贝加庞克向全世界公开“空白100年”真相后牺牲。路飞等人逃脱。
艾尔巴夫篇
路飞一行来到巨人国艾尔巴夫，遭遇神之骑士团入侵，甚至世界政府最高权力者伊姆降临，战斗持续升级。